A Igreja de Santa Maria, matriz de Serpa, foi edificada sobre uma antiga mesquita árabe durante as obras de reconstrução do castelo, nos finais do século XIII. Está situada num largo, em local elevado, junto a outros edifícios contruídos sobre construções islâmicas. Estes eram outrora defendidos por uma forte muralha, que incluía a torre de menagem e a atual torre do relógio.
A igreja tem fachada maneirista, e a torre sineira exteriormente de planta quadrada envolve uma outra torre circular de alvenaria de tijolo, possivelmente árabe. A igreja é composta por três naves, separadas por arcos quebrados sobre feixes de colunas. A capela-mor data de meados do século XVI e as capelas laterais, cobertas de talha barroca, são seiscentistas.